単気筒水冷4ストローク、4チタニウムラジアルバルブ。ボア×ストロークはそれぞれ79mm×50.9mmとなり総排気量は249.5ccです。トランスミッションは6速常時噛合式、オイル潤滑はドライサンプ式でオイルポンプを組み合わせています。これは現在のリーガルモデル（公道走行モデル）では非常に珍しいオイル潤滑方式で、過酷な条件下で使用されるレーシングエンジンと同様の方式を採用しています。ミクニ製フュエルインジェクションシステムを搭載したSM250Rは、軽量でコンパクト、尚且つ高出力なだけでなく非常に使いやすいトルク出力特性を実現。従来モデルと比較し13％コンパクトなエンジンは非常にパワフルかつスロットルレスポンス性にすぐれたものになりました。